Valores: Los valores del CIE-INCAP son equidad, excelencia, solidaridad, respeto e integridad.

Principios Éticos: El trabajo que realiza el CIE se sustenta en los principios básicos del comportamiento ético y es compatible con las Normas de conducta de la administración pública internacional y las Cartas de las Naciones Unidas y de la Organización de los  Estados Americanos.

 Estos principios son:

• Lealtad a las metas y la misión del INCAP y al Sistema de Integración Centroamericana;
• Integridad, honradez e imparcialidad en los actos y las decisiones que puedan afectar al INCAP;
• Transparencia y justicia;
• Respeto por la dignidad, el valor y la igualdad de los demás;
• Independencia con respecto a las autoridades externas;
• Tolerancia de las distintas culturas y puntos de vista. 

Estos principios básicos son los estándares con los cuales se mide nuestra conducta y comportamiento ético.