El Dr. Manuel Ramírez ha participado como investigador principal y co-investigador en múltiples proyectos de investigación locales y multicéntricos, particularmente sobre epidemiología e intervenciones en prevención primaria y secundaria, relacionados con las siguientes áreas: composición corporal humana, fisiología del ejercicio y aptitud física; enfermedades crónicas relacionadas con la nutrición y el estilo de vida; metabolismo energético y patrón de actividad física; nutrición en la vida temprana y el capital humano; desarrollo cognitivo; deficiencia de micronutrientes (hierro, ácido fólico, zinc y B12) y suplementación nutricional; modelos de intervención para promover estilos de vida saludables; creación de capacidad para la prevención y el control de las ENT; salud mental; uso de tecnología móvil en salud; aflatoxinas y enfermedad hepática; metabolómica y procesos inflamatorios crónicos. Ha sido mentor de más de 50 estudiantes de grado y posgrado y ha publicado más de 150 artículos en revistas científicas con revisión por pares y capítulos de libros. Recientemente fue acreedor a la Medalla de Ciencia y Tecnología, máxima distinción otorgada por el gobierno de Guatemala a profesionales que sobresalen en áreas de investigación científica o desarrollo tecnológico de interés nacional.